市纪委监委机关内设机构22个，分别是办公室、组织部、宣传部、信访室、案件监督管理室、案件审理室、党风政风监督室、第一至第十四纪检监察室，纪检监察干部监督室。机关党委单设。

卫辉市纪委监委设18家综合派驻纪检监察组，分别是：市纪委监委驻市委办公室纪检监察组、市纪委监委驻市人大机关纪检监察组、市纪委监委驻市政府办公室纪检监察组、市纪委监委驻市政协办公室纪检监察组、市纪委监委驻市委组织部纪检监察组、市纪委监委驻市委宣传部纪检监察组、市纪委监委驻市委统战部纪检监察组、市纪委监委驻市委社会工作部纪检监察组、市纪委监委驻市委政法委员会纪检监察组、市纪委监委驻市农业农村局纪检监察组、市纪委监委驻市发展和改革委员会纪检监察组、市纪委监委驻市财政局纪检监察组、市纪委监委驻市教育体育局纪检监察组、市纪委监委驻市住房和城乡建设局纪检监察组、市纪委监委驻市交通运输局纪检监察组、市纪委监委驻市卫生健康委员会纪检监察组、市纪委监委驻市自然资源和规划局纪检监察组、市纪委监委驻市市场监督管理局纪检监察组。

直属事业单位2个：中共卫辉市纪律检查委员会宣传教育中心；卫辉市纪检监察廉政教育中心（卫辉市纪委监察委“走读式谈话”管理中心）。

市委巡察工作领导小组办公室设在市纪委。