万历十十五年春，吕维祺出生于洛阳市新安县。他天资聪颖，学习刻苦，很快便脱颖而出。万历三十年，16岁的吕维祺考上了秀才；万历四十年，他以全省24名的名次考上举人；万历四十一年春（1613年），26岁的吕维祺奔赴北京，经过会试和殿试，获得三甲第87名，被赐同进士出身。
在刑部实习半年后，吕维祺被安排到山东省兖州府做了推官，行政级别正七品。所谓推官，也就是司法官，其职位相当于现代的兖州中级法院院长。刚一上任，吕维祺便撰写一副廉政对联贴于衙门门口，上联是：“天真有赫枉三尺，三尺难逃。”下联是：“夜岂无知受一文，一文不值。”
司法工作是推官的本职工作，吕维祺一上任，就走进监狱，对犯人们进行了深入细致的调查。他只要与犯人交谈，就先问狱吏是否敲诈勒索，但凡回答有的，他就仔细审问。弄清冤假错案情况后，他立即拨乱反正，为犯人平反昭雪。但凡审案，他从不动用酷刑，供词都是由犯人当堂看过，再签字画押。由于他办事认真，不枉法、不贪财，就连犯人们也喜欢让他审理。
到了明朝后期，藩王遍天下，山东兖州就有一个。这个藩王依仗自己是皇帝本家，凌虐士民、辱骂县官，无人敢管。吕维祺先礼后兵，他给宗室写信，让其自律。一次，这个藩王的子弟抢了街民张应选40两银子，反诬告张应选偷盗。吕维祺不畏权贵，查明真相后，对当事人进行了惩戒，将银子退还张应选。
万历四十三年，山东西部大旱，赤地千里，百姓断粮。吕维祺冒着风雪，骑马到灾区勘察灾情，具实上报。他捐献工资、开设粥场，建救灾房安置灾民，开办临时医院为灾民治病，避免了瘟疫的发生和扩散，经过细致工作，数万灾民得到了及时安置。
从天启初年开始，太监魏忠贤便把持了朝政大权，形成了“阉党”。河南也有魏忠贤的党羽，他们大造舆论，在省城开封拆迁2000余户，准备在天启四年动工为魏忠贤建一个规模宏大的“生祠”。吕维祺从传教士金尼阁口中得知此事，不禁义愤填膺，为一个太监建生祠，真是岂有此理。他立刻直奔开封，对筹办的人说道：“发眉男子，岂能媚人，我等助工斯文扫地矣！”说完，吕维祺当着众人的面，将助工簿撕的粉碎，河南的修祠工程就此终结。
崇祯三年四月，吕维祺被提拔为南京户部右侍郎（三品），总督仓场。这时的南京户部仓库破旧不堪，管理混乱，入不敷出。他到任一看会计帐本，发现亏空严重，每年收入白银238500两，支出却达428600两，赤字达190000万两。吕维祺到任后，励精图治，加强管理。三年后，他不仅将三十八仓、五场修葺一新，场场雨天无忧，还扭亏为盈，使南京户部仓场屯粮满盈，就是三年不收，也可保证每年支出，还有盈余。
